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| 团队名称 | 依托单位 | 首席专家 |
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| 大菱鲆和石斑鱼遗传育种创新团队 | 黄海所 | 马爱军 |
| 凡纳滨对虾和中国对虾遗传育种创新团队 | 黄海所 | 孔 杰 |
| 海洋藻类种质创制与利用创新团队 | 黄海所 | 叶乃好 |
| 青蟹遗传育种创新团队 | 东海所 | 马凌波 |
| 卵形鲳鲹遗传育种创新团队 | 南海所 | 张殿昌 |
| 斑节对虾种质资源与遗传育种创新团队 | 南海所 | 江世贵 |
| 鲤遗传育种创新团队 | 黑龙江所 | 贾智英 |
| 鲑鳟遗传育种创新团队 | 黑龙江所 | 王炳谦 |
| 鲢鳝遗传育种创新团队 | 长江所 | 邹桂伟 |
| 鳢和草鱼遗传育种创新团队 | 珠江所 | 陈昆慈 |
| 龟鳖遗传育种创新团队 | 珠江所 | 朱新平 |
| 淡水虾蟹遗传育种创新团队 | 淡水中心 | 傅洪拓 |
| 罗非鱼和鲤鱼遗传育种创新团队 | 淡水中心 | 杨 弘 |
| 牙鲆遗传育种创新团队 | 北戴河站 | 侯吉伦 |
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